В процедуре назначения на должность ректора и его функциях как главы университетской организации в раннее Новое время не произошло радикальных изменений. В Париже ректора все еще избирали из числа магистров одной из четырех наций факультета искусств. Если в Пуатье, Бурже (до 1552 г.) и Орлеане ректора избирали прокураторы наций, то в большинстве континентальных университетов к северу от Альп его избирали на общеуниверситетском собрании, состоящем из ординарных профессоров, и на короткий период - обычно на один семестр, иногда на год. В целом процедура избрания представляла собой формальность, поскольку профессора по очереди занимали эту должность. В университетах, основанных в ХУ1-ХУШ вв., ректор часто напрямую назначался сувереном, что является примером государственного вмешательства в академические дела.
Во всех университетах Священной Римской империи, за исключением Кельна, стало обычаем предлагать эту должность в качестве дара членам королевской семьи или студентам высокого происхождения. Члены университетской корпорации надеялись, что такой ректор благодаря своей власти и престижу станет посредником и представителем их интересов в высших политических и социальных кругах. Реально обязанности ректора в таком случае исполнял проректор или один из профессоров. Фактически такой же обычай существовал в североитальянских и испанских студенческих университетах, где ректором становился самый выдающийся член одной из студенческих наций.
Во многих испанских и итальянских университетах при сохранении традиции избрания студенческого ректора изменился характер этой должности, превратившейся в почетную обязанность. В некоторых учреждениях студенческое ректорство было даже отменено, ректора стали избирать из числа профессоров, а студенты сохраняли лишь право голосовать на выборах. Почти во всех итальянских университетах, оказавшихся в период раннего Нового времени под иноземной властью, ректорство полностью забрали у студентов, как, впрочем, и во всех университетах, основанных после 1500 г.
